Los términos que usamos en los informes de AIMA y en la literatura de microbiota, definidos para profesionales sanitarios.
microbiota
Conjunto de microorganismos que habitan un entorno concreto: bacterias, arqueas, hongos, virus y eucariotas microbianos. La microbiota intestinal es la de los tramos del tubo digestivo, y no es la única: también hay microbiota de la piel, de la boca o del tracto urogenital.
microbiome
Conjunto de genes, funciones y productos metabólicos de esa microbiota. Dicho corto: microbiota es quién está; microbioma es qué sabe hacer.
taxon
Grupo de organismos en un nivel de la clasificación biológica: filo, clase, orden, familia, género o especie. Un informe de microbiota se lee siempre indicando a qué nivel está resuelto cada dato, porque una conclusión de género no vale para todas sus especies.
relative abundance
Proporción que representa un taxón sobre el total de secuencias de la muestra, normalmente en tanto por ciento. Al ser una proporción y no un recuento absoluto, cuando un grupo sube el resto baja aunque no haya cambiado nada en él.
archaea
Dominio de microorganismos distinto del de las bacterias. En el intestino los más citados son los metanógenos. Una secuenciación 16S dirigida a bacterias no los detecta: verlos requiere un panel con arqueoma o un metagenoma shotgun.
mycobiome
Componente fúngico de la microbiota. Es minoritario en número frente al bacteriano y requiere una tecnología que lo cubra, como la metagenómica shotgun, para aparecer en el análisis.
virome
Conjunto de virus presentes en la muestra, en su mayoría bacteriófagos que infectan a las propias bacterias intestinales. Como el micobioma, solo aparece si la tecnología empleada lo cubre.
pathobiont
Microorganismo que forma parte de la microbiota habitual y que, en determinadas condiciones descritas en la literatura, se asocia a procesos perjudiciales. El término evita la dicotomía entre bacteria «buena» y «mala», que no describe bien lo que ocurre en un ecosistema.
dysbiosis
Alteración de la composición o de la función de la microbiota respecto a lo esperable en una población de referencia. Es un término descriptivo y dependiente del contexto, no un diagnóstico.
cross-feeding
Intercambio de metabolitos entre microorganismos: el producto final del metabolismo de una especie es el sustrato de otra. Es el mecanismo por el que la fermentación de la fibra se reparte en una cadena de microorganismos en lugar de ocurrir dentro de uno solo.
syntrophy
Forma estricta de alimentación cruzada en la que ninguno de los dos organismos puede realizar el proceso sin el otro, porque la reacción solo es termodinámicamente viable si el segundo retira el producto. El ejemplo clásico en intestino es la transferencia de H₂ entre Christensenella y Methanobrevibacter.
interspecies hydrogen transfer
Paso de H₂ desde el organismo que lo produce al que lo consume, normalmente sin que llegue a acumularse en el medio. Mantener baja la presión parcial de H₂ es lo que permite que la fermentación siga siendo energéticamente favorable.
microbial food web
Conjunto de relaciones de alimentación de una comunidad microbiana, representado como quién consume lo que otro produce. En el colon va de la fibra de la dieta a los ácidos grasos de cadena corta que absorbe el epitelio.
trophic level
Posición de un microorganismo en la red según de qué se alimenta: degradador primario, fermentador, consumidor de intermediarios o sumidero de hidrógeno. No es exclusiva: una misma especie puede ocupar varios niveles según el sustrato disponible.
functional guild
Grupo de microorganismos que explotan el mismo recurso de la misma manera, con independencia de su parentesco taxonómico. En microbiota se habla del gremio de productores de butirato o del de consumidores de lactato.
functional redundancy
Situación en la que varias especies no emparentadas cubren la misma función, de modo que perder una no cambia el resultado del ecosistema. Explica por qué dos personas sanas pueden compartir muy pocas especies y tener perfiles funcionales parecidos.
documented capability
Función metabólica descrita en la literatura para un organismo, con su referencia. No es una medición: indica lo que ese microorganismo sabe hacer, no lo que está haciendo en esa muestra. Es la unidad de información sobre la que AIMA construye la red de interacciones.
primary degrader
Microorganismo capaz de romper polisacáridos complejos que la mayoría de la comunidad no puede atacar, como el almidón resistente, la celulosa o la mucina. Al hacerlo libera azúcares que quedan disponibles para el resto.
keystone species
Especie cuyo efecto sobre la comunidad es desproporcionado respecto a su abundancia. El ejemplo intestinal más citado es Ruminococcus bromii: la literatura asocia su ausencia con que la degradación del almidón resistente no llegue a arrancar, por muchos consumidores aguas abajo que haya.
ecological niche
Conjunto de condiciones y recursos que permiten a una población mantenerse en un lugar. En el intestino cambia en pocos micrómetros: lumen, capa de moco y epitelio son nichos distintos con gradientes de oxígeno, pH y sustrato propios.
niche partitioning
Reparto de los recursos de un hábitat entre grupos que, de competir por lo mismo, no podrían coexistir. Es la razón por la que Akkermansia muciniphila, especializada en mucina, convive con los fermentadores de fibra de la luz intestinal.
colonization resistance
Capacidad de una microbiota establecida para impedir que un microorganismo nuevo se instale, ocupando los nichos y consumiendo los sustratos disponibles. La literatura asocia su pérdida tras un tratamiento antibiótico con sobrecrecimientos oportunistas.
hydrogen sink
Proceso que retira el H₂ liberado por la fermentación. En el colon humano hay tres documentados: metanogénesis, sulfato-reducción y acetogénesis.
methanogenesis
Producción de metano a partir de H₂ y CO₂, realizada por arqueas como Methanobrevibacter smithii. Una secuenciación 16S dirigida a bacterias no detecta arqueas, así que su ausencia en un bacterioma no prueba que no estén.
sulfate reduction
Uso del H₂ para reducir sulfato, con liberación de sulfuro de hidrógeno (H₂S). La llevan a cabo Desulfovibrio spp. y Bilophila wadsworthia, entre otros.
acetogenesis
Conversión de H₂ y CO₂ en acetato, por acetógenos como Blautia hydrogenotrophica. Es el único de los tres sumideros que devuelve el carbono a la red de alimentación cruzada en lugar de cerrarla.
short-chain fatty acids (SCFA)
Principales productos finales de la fermentación bacteriana de la fibra en el colon: acetato, propionato y butirato. Son la moneda de salida de la red trófica y la vía por la que la microbiota actúa sobre el epitelio y el metabolismo del huésped.
butyrate
AGCC que constituye la fuente principal de energía del colonocito. Cierra el recorrido de la red: no lo consume ningún otro microorganismo, lo absorbe el huésped. Se produce sobre todo a partir de acetato y de lactato.
propionate
AGCC que llega al hígado por vía portal y participa en la gluconeogénesis. Como el butirato, es un metabolito final de la red: se produce a partir de succinato, de lactato o por la vía del propanodiol.
acetate
El AGCC más abundante en el colon y el intermediario central de la red: lo producen muchos fermentadores y lo consumen los productores de butirato. Un perfil con muchos productores y ningún consumidor documentado describe una situación distinta a otro con pocos productores, aunque la cifra de acetato se parezca.
lactate
Intermediario de la fermentación que en el colon del adulto sano no suele acumularse, porque se consume casi al ritmo al que se produce. Las especies con consumo documentado son pocas, de modo que el gremio tiene poca redundancia y su ausencia entre los microorganismos detectados se aprecia con facilidad.
succinate
Intermediario que liberan Bacteroides y Prevotella durante la fermentación y que Phascolarctobacterium succinatutens y Dialister spp. convierten en propionato. Su acumulación se ha asociado a inflamación intestinal en la literatura.
hydrogen sulfide
Gas producido por las bacterias sulfato-reductoras al retirar H₂. La literatura le atribuye funciones de señalización en el epitelio a concentraciones bajas y, a concentraciones altas, interferencia con la oxidación del butirato por el colonocito.
resistant starch
Fracción del almidón que escapa a la digestión en el intestino delgado y llega al colon como sustrato fermentable. Su degradación depende de degradadores primarios especializados, en particular Ruminococcus bromii.
microbiota-accessible carbohydrates
Carbohidratos que llegan al colon sin digerir y que la microbiota puede fermentar. Agrupa fibras de la dieta y glicanos del propio huésped, y es el término que la literatura usa cuando «fibra» resulta demasiado impreciso.
mucin
Glicoproteína secretada por las células caliciformes que forma la capa de moco sobre el epitelio. Es a la vez barrera física y sustrato: especies como Akkermansia muciniphila la utilizan como fuente de carbono y nitrógeno.
metagenomics
Estudio del material genético recuperado directamente de una muestra ambiental o biológica, sin cultivar los microorganismos. Es lo que permite describir comunidades enteras, incluidos los microorganismos que no crecen en placa.
16S rRNA sequencing
Técnica que amplifica y secuencia el gen del ARN ribosómico 16S, presente en bacterias y arqueas, para identificar qué taxones hay y en qué proporción. Describe composición, no el repertorio de genes de la comunidad.
shotgun metagenomics
Secuenciación del ADN total de la muestra, sin dirigirla a un gen concreto. Cubre bacterias, arqueas, hongos, virus y otros eucariotas microbianos, y además permite estudiar genes y rutas metabólicas, no solo quién está.
next-generation sequencing
Conjunto de tecnologías que secuencian millones de fragmentos de ADN en paralelo. Las de lectura corta dan mucha profundidad y las de lectura larga permiten resolver mejor a nivel de especie; combinarlas es una estrategia habitual.
amplicon sequence variant / operational taxonomic unit
Las dos formas de agrupar secuencias antes de asignarles un nombre. Una OTU agrupa por porcentaje de similitud; una ASV distingue variantes exactas, sin agrupar. La elección cambia el recuento de taxones, así que dos informes solo son comparables si usan el mismo criterio.
alpha diversity
Diversidad dentro de una misma muestra: cuántos taxones distintos hay y cómo de repartidas están sus abundancias. Se resume con índices como Shannon o Simpson.
beta diversity
Diferencia de composición entre muestras: cuánto se parece una microbiota a otra. Es la métrica que permite situar una muestra respecto a una cohorte de referencia o comparar dos momentos del mismo paciente.
Shannon index
Índice de diversidad alfa que combina en un solo número cuántos taxones hay y cómo de equitativamente se reparten. Sube tanto si aparecen taxones nuevos como si los existentes se igualan, así que conviene leerlo junto a la composición.
reference cohort
Grupo de muestras con el que se compara un resultado para situarlo. Qué población la compone —país, edad, hábitos— condiciona la lectura: «alto» o «bajo» solo significan algo respecto a una referencia declarada.
biomarker
Indicador medible que se usa como señal de un proceso biológico. En microbiota suele construirse a partir de abundancias: un cociente entre dos taxones, la abundancia de uno solo o una suma ponderada de varios.
bioinformatics
Disciplina que procesa los datos crudos de secuenciación hasta convertirlos en tablas de taxones y funciones: control de calidad, filtrado, asignación taxonómica y normalización. Cada decisión de ese proceso deja huella en el resultado, por eso se versiona.
research use only
Categoría de un producto o servicio destinado a investigación y no a uso diagnóstico. Los análisis de AIMA aportan información analítica y bioinformática en esta categoría: describen la muestra, y la interpretación clínica corresponde al profesional solicitante.
intestinal barrier
Conjunto de estructuras que separan el contenido luminal del tejido del huésped: capa de moco, epitelio con sus uniones estrechas y componente inmunitario. Varios de los metabolitos de la fermentación, el butirato entre ellos, se han relacionado en la literatura con su mantenimiento.
gut–brain axis
Conjunto de vías de comunicación bidireccional descritas entre el tubo digestivo y el sistema nervioso central: nervio vago, sistema inmunitario, metabolitos microbianos y eje hipotálamo-hipófiso-adrenal.
FODMAP
Acrónimo de oligosacáridos, disacáridos, monosacáridos y polioles fermentables: carbohidratos de cadena corta que se absorben mal y fermentan con rapidez en el intestino. Dan nombre a un patrón dietético de reducción temporal usado bajo supervisión profesional.
irritable bowel syndrome
Trastorno de la interacción intestino-cerebro definido por criterios clínicos. Un análisis de microbiota no lo diagnostica ni lo descarta: describe la composición de la muestra, que el profesional valora junto al resto del cuadro.
small intestinal bacterial overgrowth
Sobrecrecimiento bacteriano en el intestino delgado, definido por criterios clínicos y pruebas propias. Un análisis de microbiota en heces refleja sobre todo el compartimento colónico, de modo que no es la prueba con la que se establece.
intestinal methanogen overgrowth
Término propuesto para los cuadros asociados a una producción elevada de metano, donde los implicados son arqueas y no bacterias, de ahí que no encaje bajo el nombre de SIBO. Su valoración corresponde al profesional y se apoya en pruebas propias.
probiotic
Microorganismo vivo que, administrado en cantidad adecuada, se ha asociado en la literatura con un efecto beneficioso para el huésped. El efecto descrito es específico de cepa y de dosis: no se extrapola de una cepa a su especie.
prebiotic
Sustrato que la microbiota del huésped utiliza selectivamente y que se ha asociado con un beneficio para la salud. Son el punto de entrada de la red trófica: alimentan a los degradadores primarios y, a través de ellos, al resto.
synbiotic
Combinación de probiótico y prebiótico en un mismo producto. La literatura distingue entre los complementarios, donde cada componente actúa por su cuenta, y los sinérgicos, donde el sustrato está elegido para el microorganismo que lo acompaña.
postbiotic
Preparación de microorganismos inanimados o de sus componentes que se ha asociado con un beneficio para el huésped. A diferencia del probiótico, no requiere que el microorganismo llegue vivo.
